Das Lead Agency-Verfahren richtet sich an Forschende in der Schweiz, die ein grenzüberschreitendes Forschungsprojekt umsetzen wollen. Forschende reichen in der Schweiz und einem Partnerland ein gemeinsames Gesuch bei einer der beiden nationalen Förderorganisationen ein. Beim SNF steht für das Lead-Agency-Verfahren das Instrument Projektförderung zur Verfügung. Für den Forschungsteil in der Schweiz gelten die SNF-Regelungen. Für den ausländischen Forschungsteil gelten die Teilnahmebedingungen der Partnerorganisation. Ein Lead-Agency-Gesuch kann nur eingereicht werden, wenn es keine thematischen Überlappungen mit einem bereits laufenden Projekt des SNF-Instruments Projektförderung aufweist.