Das Lead Agency-Verfahren richtet sich an Forschende in der Schweiz, die ein grenzüberschreitendes Forschungsprojekt umsetzen wollen. Beim SNF steht für das Lead-Agency-Verfahren das Instrument Projektförderung zur Verfügung. Für den Forschungsteil in der Schweiz gelten die SNF-Regelungen. Für den ausländischen Forschungsteil gelten die Teilnahmebedingungen der Partnerorganisation. Ein Lead-Agency-Gesuch kann nur eingereicht werden, wenn es keine thematischen Überlappungen mit einem bereits laufenden Projekt des SNF-Instruments Projektförderung aufweist.