Die NFS richten sich an etablierte Forschende in der Schweiz, welche langfristig angelegte Forschungsvorhaben zu Themen von strategischer Bedeutung umsetzen möchten. Das Management der einzelnen NFS ist jeweils an einer Hochschule oder einer anderen profilierten Forschungsinstitution angesiedelt. Ein NFS muss durch eine oder mehrere Heiminstitutionen getragen werden.
Der finanzielle Rahmen für die NFS wird vom Parlament bestimmt. Neben dem Bundesbeitrag werden die NFS zusätzlich durch Eigenmittel der Hochschulen und durch Drittmittel finanziert.