Sinergia fördert die Zusammenarbeit von zwei bis vier Forschungsgruppen, die interdisziplinär und mit Aussicht auf bahnbrechende Erkenntnisse forschen ("breakthrough research"). Die angestrebten Forschungsziele erfordern die Integration von Elementen (Theorien, Methoden, Konzepten, etc.) aus zwei oder mehreren Disziplinen. Alle involvierten Disziplinen weisen eine vergleichbare Gewichtung auf. Kollaborative Gesuche innerhalb einer Disziplin oder Gesuche mit einer Hauptdisziplin, die von Hilfsdisziplinen ergänzt werden, sollten bei der entsprechenden Abteilung der Projektförderung eingereicht werden.