Für den Förderzeitraum 2025–2028 gilt als allgemeiner Grundsatz, dass die Beteiligung der Schweiz am CERN und an der ESO bei der FLARE-Förderung Vorrang hat. Eine weitere Priorität ist die Schweizer Beteiligung an Infrastrukturprojekten zur Neutrinoforschung in den USA und in Japan. Darüber hinaus kann auch die Beteiligung von Schweizer Forschenden an anderen bodengestützten Infrastrukturprojekten in den Bereichen Teilchenphysik, Astrophysik und Astroteilchenphysik gefördert werden. Da jedoch in der ERI-Vorlage 2025–2028 spezifische finanzielle Mittel zur Förderung von Projekten schweizerischer Forschender im Rahmen der Vorbereitung von CTA und SKA beantragt werden, ist das FLARE-Programm 2025–2028 grundsätzlich nicht für Anträge vorgesehen, die in direktem Zusammenhang mit diesen Kontexten stehen.