Ziel der Flagship Initiative ist es, aktuelle oder zukünftige Herausforderungen zu meistern, die für einen grossen Teil der Schweizer Wirtschaft oder Gesellschaft relevant sind. Innosuisse definiert spezifische, aber breit gefasste Flagship-Themen, damit sich potentielle Gesuchstellende vermehrt mit Fragen befassen, die für das künftige Wohl des Landes von besonderem Interesse sind und neue Lösungen und Geschäftsmodelle erfordern. Das Förderinstrument ergänzt die bottom-up-orientierten und etablierten regulären Innovationsprojekte.