Ziel der Flagship Initiative ist es, systemische Innovationen zu fördern, die zur Bewältigung grosser wirtschaftlicher und gesellschaftlicher Herausforderungen beitragen. Des Weiteren verfolgt sie das Ziel, die Wettbewerbsfähigkeit der Schweizer Wirtschaft zu stärken und/oder zum Wohl der Gesellschaft beizutragen, indem durch Effizienzsteigerungen, Kostensenkungen oder neue Lösungen für sozial relevante Herausforderungen entlang der gesamten Wertschöpfungskette Mehrwert geschaffen wird.